Una de las mayores preocupaciones son las enfermedades, al menos en cinco distritos se han detectado diarreas, problemas respiratorios y picaduras de serpiente. Además, cientos de hectáreas de arrozales han sido destruidas. Los retos actuales son rehabilitar las comunidades desplazadas y ayudar con los problemas sanitarios. Las primeras valoraciones estiman que la ayuda humanitaria pueda ser cubiertas con los recursos locales.

Serán necesarios recursos adicionales para la recuperación y reconstrucción en el largo plazo, incluidos los utilizados en el reabastecimiento inicial. También será crítico fortalecer los sistemas de vigilancia de salud pública. En las anteriores inundaciones del 2006 hubo un gran brote de malaria, que costo decenas de vidas después de las primeras inundaciones.

Plan a contribuido con la suma de 22.000 libras para la reconstrucción inmediata en el distrito de Banke. Plan desarrolla programas en este distrito donde tiene 7.500 niños y niñas apadrinados. Actualmente Plan esta trabajando con las autoridades locales para lanzar mensajes a través de la radio local con el objetivo de prevenir contagios a través del agua contaminada o brotes de malaria.